Teniendo en cuenta que el semen sexado es el resultado directo del proceso realizado por citometria de flujo, una investigación cuenta cuáles son las ventajas y desventajas que implica la realización de este procedimiento, así como la importancia del mismo.

Según una investigación realizada por la Universidad Cooperativa de Colombia, la importancia del semen sexado se refleja en la capacidad de elegir el sexo de la progenie, pero su relevancia está dada a su implementación en sistemas productivos. (Lea: Factores a favor y en contra del semen sexado)

Ventajas

• Se pueden realizar programaciones del sistema productivo, según el sexo de la cría.   
• Para preservar el semen sexado se utiliza un proceso de congelación diferente usado al comúnmente, pues no utiliza glicerol por lo que es un método menos agresivo para las células espermáticas, y permite obtener hasta un 80% de motilidad después de la descongelación.  
• El porcentaje de eficacia del semen sexado siempre oscila entre el 85% al 90%.  
• Los toros más jóvenes podrían ser probados y catalogados más temprano por el número de hijos o hijas según sus progenies. (Lea: Ventajas e inconvenientes de usar semen sexado para ganado de carne)  
• Al realizar la selección, tanto del macho que donara el semen y cuando se elige a hembra receptora de este, podría su progenie por la selección de características deseadas tener menos problemas al parto.  
• Al controlar directamente la reproducción en el sistema productivo, son menores las probabilidades de enfermedades, debido a la introducción de animales dedicados a este fin.
• Eficiencia y ganancia económica sobre el proceso genético.  
• Se pueden seleccionar líneas sanguíneas específicas.  
• Puede expandir sistemas productores de leche, al utilizar semen de razas cárnicas en hembras lecheras de características inferiores, sin comprometer directamente la reposición del sistema productivo.  

Desventajas

• Debido a la tasa de concepción reducida reportada para el semen sexado, su uso generalmente se limita a novillas vírgenes más fértiles. En los últimos estudios mencionados por la investigación se expone que las novillas vírgenes presentan mejores tasas de concepción que animales mayores.  
• El semen sexado no responde bien a procesos de congelación, descongelación y congelación. Los espermatozoides no sobreviven muy bien a dicho proceso.  
• El uso de este semen sexado es de mayor eficiencia en cuento a su manejo y prácticas de Inteligencia Artificial, para obtener mejores resultados.  
• Mayores exigencias en cuanto a animales y condiciones de estos.  
• La cantidad de espermatozoides por pajillas en comparación a las pajillas normales es menor, y además, en cada proceso de sexaje se tienden a descartar hasta el 15% de espermatozoides ya sea por anormalidades o porque el citometro de flujo no puede clasificarlos.  
• Las pajillas sexadas producen una dilución alta, la cual puede disminuir la motilidad, actividad metabólica y la capacidad fertilizante durante el estrés ocasionado por el sexaje.  
• La eliminación del plasma seminal desestabiliza la membrana dificultando la capacitación funcional.  
• Precio comercial del citometro de flujo se aproxima a los 280 mil dólares.  
• Precio por pajilla del semen sexado es mayor al comercial.  
• Si no se maneja con precaución, en sistemas productivos donde su uso sea intenso, puede disminuir su variabilidad genética y aumentar la consanguinidad en la población.  
• Si se compara el semen sexado con el convencional, la tasa de preñez menor, dadas las concentraciones por dosis. (Lea: El sexado del semen también es importante en las razas criollas)  
• Se desconoce la razón por la cual la fertilidad es menor en semen sexado, pero se distinguen los procesos utilizados para su sexaje como la exposición a los láser, la dilución de la muestra, la presión por la cual los espermatozoides son sometidos y también las cargas eléctricas proporcionadas para su posterior separación.  
• Es posible que para mantener no tan alto el costo de pajillas sexadas, se proceda a almacenar menos espermatozoides por dosis.  
• El semen sexado no está disponible para todos los toros, ya sea por su alto costo o en ocasiones, el procedimiento de sexaje no funciona para un toro en particular.  
• Se tiene que evitar al 100% utilizar semen sexado en animales con problemas ya reportados tales como mastitis, retención de placenta, enfermedades uterinas, etc.  
• En las ventajas del uso del semen sexado están relacionadas directamente con las características particulares y las condiciones individuales de cada sistema de producción como genética animal, ambiente y nutrición. Por eso es de suma importancia realizar un análisis individual de cada sistema al cual se piensa implementar.